為探究微藻汙水處理的可行性，許多研究者使用單一藻株對汙水進行處理並得到了較為理想的效果。薑紅鷹等使用小球藻處（chù）理6個不同濃度的模擬廢水，發現小球藻對（duì）模擬（nǐ）汙水中NH3-N的去除率可達（dá）到80%，對的***高去除率接近100%。簡恩（ēn）光使用小球藻處理養豬沼液，發現沼液中COD、NH3-N和TP的（de）去除率分別可達77.61%、94.76%和80.03%。He等使用小球藻對已滅菌的、不同濃度（dù）的城市（shì）汙水（shuǐ）進行為期（qī）14 d的處（chù）理，發現小球藻可以將ρ(NH3-N)<148 mg/L汙水中的NH3-N完全去除，也可以完全去除汙水中的P。使用單一藻株進行汙水處理，雖然（rán）可以有效去除汙水中（zhōng）的N、P等營養物質，但（dàn）是對COD等汙染物的去除並不理想，甚至會出現COD不降（jiàng）反升的情況。另外，自然條件下的微藻難以（yǐ）保（bǎo）持純（chún）種的培養狀態，需要浪費大量（liàng）時間精力進（jìn）行微藻的純化和保存。此外（wài），使（shǐ）用單一藻（zǎo）株進行汙水處理需要對（duì）汙水進行消毒或滅菌，體（tǐ）係穩定性差，微藻極易因外來物種汙染而死亡，對（duì）培養設備要求較高，不利於實際應用

相較於使用單一藻株進行汙水處（chù）理，多（duō）藻體（tǐ）係可以通過微藻間的協同作用來彌補使用單一藻株的不足。例如，多藻體係（xì）可（kě）以提高（gāo）對營養（yǎng）物質的吸收效率、增強對外界環境的抵抗力等。Matamoros等發現，使用Chlorella sp.和Scenedesmus sp. 2種微藻聯合培養可成功去除城市汙（wū）水和合成汙水中20%的卡馬西平（píng）。Hena等（děng）從奶牛場廢水中篩選出的微（wēi）藻共生體可以去除奶牛場（chǎng）廢水中98%以上的營養物質。但是多藻體係中微藻間可能（néng）也存（cún）在拮抗作用。Bär H等研（yán）究發現（xiàn），在由C.vulgaris和P. subcapitata組成的微藻共生體中，C. vulgaris分泌的小球藻素會嚴重抑製P. subcapitata的生長。雖然多藻體係對汙水中汙染物（wù）去除（chú）率更高，對外界環（huán）境的抵（dǐ）抗力更強，但是需要進一步探究藻株間的相（xiàng）互關係才能構（gòu）建出***的多藻體係。

菌藻共生體通（tōng）常由微藻和細菌（jun1）間的自（zì）絮凝作用形成。這個體係結合了微藻和共生菌兩者的優點，可有效去除汙水中的（de）N、P和COD等汙染（rǎn）物。Beltrán-Rocha等選用的城市汙水中的土著（zhe）型菌藻共生體可以去除二級城市汙水中64%～79%的TN和80%～94%的等使用2種柵藻在***藻類塘(HRAP)中對濃度為60%的造紙廠廢水進行處理，發現該體係對和的（de）去除率分別可達到75%、65%和71.29%。細菌（jun1）的種類和汙染物的濃度對菌藻共（gòng）生體的構建有較大（dà）影響。王亞潔在用微（wēi）擬球藻處理城市生活汙水時發現變形菌門和厚（hòu）壁菌門是優勢菌。